大蛇丸没有死，刚开始在时被佐助杀了，在后期忍界大战时候，被佐助复活了，并且用尸鬼封尽解放了1到4代火影的灵魂，并且秽土转生了他们，成为了大战的转折点

大蛇丸死亡发生在《火影忍者疾风传》第113集中，名为“大蛇丸的背叛”。在这一集中，大蛇丸的身体被他的追随者桥野所利用，而大蛇丸自身的意识则被藏在自己的“秘境”中。最终，主角鸣人和他的朋友们找到了大蛇丸的秘境，并通过战斗将他打败。大蛇丸的身体也因为被桥野背叛而死亡，他的意识则被封印在了鸣人的身体中。

大蛇丸在动画《火影忍者》的第338集《紧急任务! 异界须佐能乎》中死去。在这一集中，大蛇丸为了救鸣人而将自己的力量转移到了鸣人体内，之后被鬼鲛斩断了头颅，最终死去。